FUHEM está inscrita en el Registro de Fundaciones de Competencia Estatal del Ministerio de Justicia (nº de registro 2319JUS). Anualmente, rinde cuenta de sus actividades y la gestión de sus fondos ante el Protectorado de Fundaciones, adscrito al Ministerio de Cultura y Deporte.

Cada año, FUHEM presenta las cuentas de los fondos empleados en el ejercicio correspondiente, tanto de la Fundación como de sus colegios, y ofrece de forma pública el informe de auditoría de sus cuentas anuales. Estas son las memorias económicas, cuentas anuales e informes de auditoría de los últimos años.

Como miembro de la Red de ONGD de la Comunidad de Madrid, FUHEM ha suscrito el Código de Conducta de las ONG de Desarrollo de la CONGDE.

En octubre de 2007, el Patronato de FUHEM aprobó el Código Ético de la Fundación, un documento que hace explícitos los principios éticos que conforman su identidad histórica. De acuerdo con este documento, quienes trabajan por cuenta de la Fundación o cooperan con ella deben conocer, compartir y comprometerse a cumplir y promover este código.

FUHEM se rige por los presentes Estatutos y por las normas que, en interpretación y desarrollo de los mismos, acuerden válidamente sus órganos de gobierno, siempre de conformidad con la legislación reguladora.

La actividad de FUHEM sigue las pautas establecidas en el Plan Estratégico 2019/22 que, a su vez, se asienta sobre las líneas generales establecidas en el Proyecto Integral de FUHEM tanto a nivel global de Fundación, como de sus áreas de trabajo: Educativa y Ecosocial.